“发展现代农业”是十七届三中全会的重要议题和决策之一。在当前严峻的国际经济形势下，加快现代农业建设，将成为扩大内需、带动就业、拉动经济增长的新兴板块；对于落实12月10日中央经济工作会议提出的“进一步巩固和加强农业基础地位，加快经济结构战略性调整”，确保明年经济平稳快速发展的目标有着至关重要的意义。然而，发展现代农业是一项系统工程，不仅需要土地、资金、技术和劳动力等资源要素的优化配置，更需要体制和制度的创新，以适应现代农业商品化、产业化的需求。“应用农业”概念的提出，正是从理论创新出发，对农业发展战略的思考和探索。
一、目前农业存在的问题主要体现在经济质量低
改革开放30年来，我国的农业体制改革逐步深入、财政投入逐渐加大、粮食产量连年提高，自力更生解决了十几亿人的温饱，为全面建设小康社会奠定了坚实的基础。但也不能忽视农业发展过程中存在的问题和困难。
1、农业经济质量低，影响着农业的发展和稳定
我国是一个传统的农业国家，长期以来，由于农业生产方式落后，劳动生产率低下、基础设施薄弱；同时由于近年来，柴油、化肥等农资价格不断上涨，农业生产成本持续攀升，直接影响了农业经济效益的提高。加之在计划经济体制“优先发展工业尤其是重工业”的思路下，采取的以农支工的政策，使农业成为了工业化建设中资本积累的主要来源。多方面原因的制约，农业产值在国民经济中的比重不断下降，已从上世纪80年代初的30%下降到2007年的11%，长期处于弱势地位。
目前农业的中心功能是确保粮食安全，这是人口大国的必然所使，但由于经济质量长期得不到提升，已影响到了粮食安全保障水平的提高。目前，“产粮大省是经济穷省；产粮大县是经济穷县”的现象比较普遍，因为发展农业、尤其是粮食生产经济效益不突出，政绩不明显。所以，部分地方政府和官员存在着一定程度的“重工轻农”思想。针对当前的农业状况，十七届三中全会强调指出，“农业基础仍然薄弱，最需要加强；农村发展仍然滞后，最需要扶持；农民增收仍然困难，最需要加快。”
2、农业经济质量低的原因分析
农业经济质量低、产值规模小，原因是多方面的。目前普遍认可的观点是：人口多、耕地少，与美国、加拿大相比较，我国人均耕地只有1.4亩，而美国为12亩、加拿大为22.5亩。耕地不集中，难以实施大规模、机械化作业，耕种成本较高。
我国的农业问题，已不是单纯依靠调整农业人口与土地的比例就可以解决的，即便是达到了一定的规模和机械化水平，在一定程度上降低了耕种成本，但综合计算，对于提高农业整体效益的作用也非常有限。况且，达到美国的人均占有耕地水平也不现实。除地貌条件限制外，还意味着要将现有8亿农业人口中的7亿，转移进城市。但目前而言，绝大多数城市的功能无法承担这一重任。一旦出现较大的经济波动，便可能会形成大量的社会闲散劳动力，影响社会的安定和谐。
解决我国的农业问题，需要在一个更大范围内重新认识和定位农业。若从产业链构成角度进行解析，我国传统的农业产业链只包括了初始的种植环节，是一个“半截子”的产业链，是典型的以种植为主体的农业。相应在统计口径上，农业的产值只统计了种植，而后续加工环节创造的价值，全部计入了工业，后续加工的附加值没有真正体现在农业上。这种产业体制和划分方式，从根本上制约了农业产值规模的提升。
二、发展应用农业，提升农业经济质量
在新形势下，如何正确认识传统的产业划分方式，从认识和体制上保障工农业资源要素进行重新优化配置，“应用农业”概念的提出可视为破解发展现代农业命题的有益尝试和探索。
1、近年来，促进农业经济质量提升的若干思路
长期以来，理论界和科技界已经认识到改善农业经济质量的重要性和紧迫性，并且进行了不懈的努力和探索。特别是改革开放30年以来，不断取得理论与实践上的突破。上世纪80年代初，钱学森先生提出了 “农业、海业、林业、草业、沙业”并举的“大农业”的思路；同期，姜春云同志提出了将果蔬加工业等纳入农业体系的思路。这些观点，扩大了农业的功能和范围，也为我们思考农业问题开启了新思路。
上世纪90年代中期，经济理论界借鉴国外经验提出了“农业产业化”、“现代农业”等概念，更多的是加大农产品转化力度，拉长农业产业链等提法。这些观点和提法，在一定程度上表明经济理论界已认识到提升农业经济质量的重要性，并积极探索有益的思路。但是，由于受传统认识的影响，大多停留在概念层面。个别地区在实践中虽也尝试着做了一些工作，但是由于理论的系统性不强，实施着力点分散，加之行政管理体系割裂，目标与效果偏差较大，整体成效有限。
2、我国农业经济运行已发生了全新的变化
探索农业发展思路，全面推进农业的发展，我们需要对农业产业链的内部运行特点和各节点的价值进行全面的比较和分析。
