2009年底，农业部向两种转基因水稻和一种转基因玉米颁发了安全证书，更早的2008年，农业部门启动了总额约200亿元人民币的转基因生物新品种培育科技重大专项，据称为培育一批抗病虫、抗逆、优质、高产、高效的重大转基因生物新品种，提高农业转基因生物研究和产业化整体水平，为中国农业可持续发展提供强有力的科技支撑。
国内转基因研究的如火如荼并没有平息国内外专家学者争论的声音，在国外研究者发出转基因技术其实是西方在控制中国粮食命脉的警告时，从事以及接近转基因技术的一些国内专家却意外保持沉默。但是云遮雾罩的转基因技术研究背后，仍然有一些线索可供普通人玩味思索。
转基因大米比饮用水还安全？
2009年10月，华中农业大学研发的转基因抗虫水稻“华恢1号”和“Bt汕优63” 出现在《2009年第二批农业转基因生物安全证书批准清单》中，获得了农业部的生产应用安全证书，转基因水稻可在湖北省生产应用，“一石激起千层浪”，转基因水稻的安全性成为众矢之的。
转基因作物的安全性，世界卫生组织早有认定。2002年10月，世界卫生组织发布了一份名为《关于转基因食品的20个问题》，在这份文件中，世界卫生组织表示：“不同的转基因生物包括以不同方式插入的各种基因。这意味着应逐案评估个别转基因食品及其安全性，并且不可能就所有转基因食品的安全性发表总体声明。目前在国际市场上可获得的转基因食品已通过风险评估并且可能不会对人类健康产生危险。此外，在此类食品获得批准的国家普通大众对这些食品的消费未显示对人类健康的影响。”
世界卫生组织介绍，转基因作物分为三类：抗虫害损害；抗病毒感染；以及对某些除草剂耐受性。截至2002年，抗虫害或耐受除草剂的转基因玉米、大豆在美国和欧盟获得了批准，耐受除草剂的菊苣仅有欧盟批准，耐受除草剂或抗病毒的甘兰型油菜、南瓜属植物、土豆则只在美国和加拿大获得了批准。
对于两种转基因水稻的安全性，华中农业大学解释：“人类安全使用Bt蛋白来抗虫已有70多年历史，没有发生一起让人中毒和过敏的例子。它本身是有机物，是有机食品允许使用的生物抗虫剂。由国家指定的有资质的单位用转基因大米喂养了很多代白鼠，没有发现转基因大米对白鼠生长、发育、智力、免疫、生殖等有任何不良影响。研究人员还用纯Bt蛋白对抵抗力很弱的小鼠进行灌胃，剂量达每千克小鼠体重灌注5克纯Bt蛋白，没有发现中毒、过敏、体重异常、脏器病变。每克‘华恢1号’稻米含Bt蛋白不超过2.5微克，按小鼠灌胃剂量折算推知，一个体重60公斤的人吃掉120吨稻米也不会发生中毒、过敏、体重异常、脏器病变。如果按每天吃500克稻米计算，一个人活上120岁，也只吃掉约10吨稻米，不及小鼠灌胃剂量的十分之一。我们想特别指出，人类食用转基因食品已有十多年历史，没有发现任何中毒、过敏等不安全问题。”
华中农业大学进一步表示：“我们最近查了食品、饮用水等相关国家标准，发现对人体无毒的Bt蛋白在转基因大米中的含量，比国家标准规定的食品中的亚硝酸盐含量还低。亚硝酸盐是实验证明的中度毒性、高度致癌性物质。国家标准规定饮用水中亚硝酸盐的含量为每克水中不高于1微克。考虑到饮水量，可以说，我们研发的转基因大米比达标的饮用水还安全，是真正无毒无害的。”
反对转基因作物人士的疑虑并未因此消弭。中国科学院植物研究所首席研究员蒋高明对于世界卫生组织关于转基因食品安全性的结论向《第一财经日报》记者评论道：“世界卫生组织还是很慎重的，但他们的意见仅是供参考的，他们不能决定每个国家是否种植。美国加州3县、欧洲瑞士国家全民投票决定不种转基因作物。”
接受采访时正在国外参加转基因生物安全性会议的国家环境保护部南京环境科学研究所生物多样性首席专家薛达元对本报记者说：“我基本上同意世卫组织的文件精神。应该说目前已批准商业化生产的转基因都经过严格的风险评估，总体说基本上是安全的。但是限于风险评估技术的水平，也只能说基本上是安全的，或者说‘目前可能不会对人体产生危害’，将来是否会有危害，还不能完全肯定。而且，目前已经风险评估的商业化转基因还很有限，随着转基因技术的发展，将会出现大量新的转基因生物及其产品，这些新的转基因未必都是安全的，需要逐个进行严格的风险评估。也就是说，部分转基因目前安全不等于将来也安全；现有的转基因安全不等于今后的转基因也安全。”
