为确保农业可持续发展，客观上要求对农业补贴政策进行调整，突出其环境保护功能，引导人们在农业生产经营过程中自觉地保护环境，在为社会提供优质农产品的同时也为社会提供优美的生态环境。
欧盟农业生态补贴政策
WTO规则把农业补贴政策划分为三种类型：绿色补贴政策、蓝色补贴政策和黄色补贴政策。绿色补贴政策是指农业补贴对农产品贸易价格不产生扭曲作用，包括对农业科技、农业基础设施和农业生态环境的补贴。蓝色补贴政策是指对农业生产经营者给予的不与其生产经营相挂钩的直接补贴，这种补贴对农产品贸易价格产生扭曲作用不大。黄色补贴政策是指农业补贴，对农产品贸易价格产生较大的扭曲作用，它包括价格支持和农产品出口补贴。由于绿色补贴政策对农产品贸易价格不产生扭曲作用可享受豁免权，蓝色补贴和黄色补贴政策对农产品贸易价格产生扭曲作用需逐步削减甚至取消。欧盟原农产品价格支持补贴政策属黄色补贴，需要削减和禁止，为了既适应 WTO规则的要求又不削弱对农业的支持，欧盟对原农产品价格支持补贴政策进行制度创新，抛弃过去价格支持体系，而把环境保护作为农业补贴政策的核心内容，从而实现了从价格补贴转向环保补贴。2003年6月，欧盟确定农业补贴与环境保护完全相挂钩，形成了以环境保护为核心的农业补贴政策体系，农业补贴的环境保护功能改造最终完成。欧盟的农业生态补贴政策包括：
1.制订农业生态环境标准指标体系
2003年，欧盟出台了农业生态环境的最低标准指标体系，并以此作为指导欧盟成员国进行农业生态环境补贴的纲领性文件。欧盟各成员国依据农业生态环境的最低标准指标体系并结合本国的实际情况制订出符合本国国情的农业生态环境的最低标准指标体系。
2.构建激励监督机制
首先，设置奖励机制。补贴标准是以农民为农业生态建设的投入额度为参照系，农民为农业生态建设投入越多，其获得的补贴也就越多。其次，设立惩罚措施。农业生产经营者申请农业生态补贴项目时必须承诺预期成果和保证措施，若不能达到最低标准要求则不能获得全额的农业补贴甚至不能获得农业补贴。最后，设置评估监督机制。成员国每年对本国农业生态建设进行绩效评价并向欧盟监测委员会提交评估报告，欧盟监测委员会综合各成员国的评估报告形成欧盟农业生态建设绩效评估报告，通过农业生态建设绩效评估报告对欧盟农业生态建设进行动态监测和管理。
政策产生的效应
1.培育了农民的环保意识和农产品质量意识
由于农民获得农业生态补贴的量与其对环境保护投入呈正相关，在利益驱动下农民自觉地把环保理念牢记在心，并贯穿于农业生产中，力图做到环保生产和清洁经营，力争减少环境污染，提高农产品质量。
2.保护了生态环境，提高农产品质量
在环保生产和清洁经营理念的指导下，农民减少化肥、农药和除草剂的使用量，转而更多地使用有机肥料、生物农药和机械除草，从而最大限度地减少化肥、农药和除草剂对环境污染和在农产品的残留;在畜牧养殖业上，养殖户只有对禽畜粪便进行无害化处理，并达到规定标准后才能获得足额补贴，从而消除禽畜粪便对地表水和地下水的污染。
3.增强了农业发展潜力
农民进行环保生产和清洁经营使过去遭受破坏的生态系统逐步恢复起来，增加生态系统对气候的调节能力，食物链得到延伸，食物网密集化，生态系统自我调节能力提高，农业发展的外部环境得到优化。另外，以有机肥料替代无机化肥、用生物农药和机械除草替代化学农药和化学除草，增加土壤的有机质成分，土地肥力增加，农业生产能力提高。
