转基因作物迅速推广的同时，社会上也出现了争论。转基因生物技术的发展，争论的实质已并不纯粹是科学问题，而是经济和贸易问题。转基因食品安全已成为贸易的技术壁垒。
反对转基因食品最著名的大人物，可能就是英国王储查尔斯，1998年的英国，人们对基因改造的食品的愤怒正处于高峰，查尔斯在当时给食品生物技术工业写信：“这是一种无法预见的后果，这种不可预见的后果是引起关注的最大的原因？？我个人不希望吃到经基因改造后生产的任何东西，我也不会有意将这类产品提供提供给我的家人和客人们。”2000年5月，查尔斯王子又在BBC的一个关于可持续发展的讲座中，对现代科学进行了一番批判，其中自然少不了抨击转基因食品，夸奖有机农业是多么的“自然”。他认为转基因食品是违背伦理道德的，是非自然的东西。
查尔斯王子的宣传与英国公众的情绪互相作用，效果是十分强烈的，使得英国成为了当时反对转基因最激烈的国家。2002年6月，查尔斯在德国接受一家私人组织颁布发的环境保护奖项时，又谈了一通转基因作物的危险。第二天，英国皇家学会副会长帕特里克?贝特森毫不客气地对媒体说，王子对转基因的态度完全是“歇斯底里症的表现”。他说，迄今并无证据表明转基因作物存在危害，查尔斯的歇斯底里“使我失去了购买产品的选择权”。英国王室也看不下去查尔斯的做法，据说女王为此曾找他谈过话，妹妹安妮公主和老爸菲利浦亲王则在媒体上公开批评，说他又不是生物学专家，这样攻击转基因食品是不对的。
“转基因”一词从其诞生以来在欧洲的反对声音就异常激烈。人们对此产生诸多疑问，转基因食品对人类安全吗？它是否破坏生物的多样性？是否破坏生态安全？是否有跨物种感染的可能？对此产生疑惑的原因一、在于转基因已是非自然的产物，反对转基因作物是基于政治、经济、文化和宗教信仰的考虑，这些国家崇尚自然，反对非自然的产品，他们认为转基因作物破坏了作物的自然属性，所以这样是行不通的；二、还有一种是借口，主要是这些国家为了与美国打一场贸易战，他们害怕美国占领他们的市场，从而设置贸易壁垒，所以在这些国家，科学界怨声载道。
反对转基因之声
反对一方用不同的方法在证明转基因食品的“破坏性”
最为著名的Pusztai事件：英国阿伯丁的罗威特研究所Rowett研究所 有位普兹泰（Pusztai）博士，他用转雪花莲凝集素基因的土豆喂大鼠，1998年秋天在英国电视台发表讲话，声称大鼠食用了这种土豆后，体重和器官重量减轻，免疫系统受到了破坏。此事首次引起国际轰动。
班蝶事件：1999年5月，康奈尔大学的一个研究组在《Nature》杂志上发表文章，声称转基因抗虫玉米的花粉飘到一种名叫“马利筋”的杂草上，用马利筋叶片饲喂美国大斑蝶，导致44%的幼虫死亡。加拿大“超级杂草”事件：由于基因漂流，在加拿大的油菜地里发现了个别油菜植株可以抗一种、两种或三种除草剂，因而有人称此为"超级杂草"。事实上，这种油菜在喷施另一种除草剂2,4-D后即被全部杀死。墨西哥玉米事件：2001年11月，美国加州大学伯克莱分校的两位研究人员在《Nature》上发表文章，声称在墨西哥南部 Oaxaca 地区采集的6个玉米地方品种样本中，发现有CaMV35S 启动子及Novartis Bt11 抗虫玉米中的 adh1 基因相似序列等等。甚至有些国家的公众和农民进行示威游行反对转基因食品。特别是在英国，抵制输入基因工程粮食、种子和加工食品，反对进行基因工程作物的田间试验，他们的这些民间运动十分活跃，并颇具社会影响力，如阻止装载基因工程粮食和种子的货轮靠岸，焚烧进口的基因工程粮食，甚至捣毁基因工程作物试验田等。
然而，至今没有哪个国家或那个科研机构有确切的证据，来证明转基因食品是否与非转基因一样安全。各国对此的态度也不尽相同。
