邓小平同志曾明确指出：二十一世纪农业的出路是生物技术。温家宝总理也指出：加强农业基础性，前沿性科学研究，抓好生物技术……抢占农业高技术领域制高点。领导的指示为今后农业生产发展指明了道路。做为生物技术核心内容的菌肥在农业生产有什么重要意义，它和有机质和掺复混肥有什么关系，已经到了广大农民必须掌握，并应用到农业生产实践的关键时刻。
一、微生物与土壤的关系。土壤是岩石经过风化，增加了透水性和透气性，岩石中的无机盐类，经过微生物作用逐渐将无机物，转变成有机物，使土壤有了有机质，从而增强了微生物活动的食物链。岩石经过若干年的生态循环后，形成岩石土壤和农业土壤，使死土变活土，活土变成油土。可以说没有微生物就没有土壤，微生物是产生土壤、土壤营养和植物生长的基石。
二、微生物与土壤养分的关系。一是自然界中有机营养的转化。大自然中动植物的残体，各种纤维素、果酸、木质素、及脂类物质，都是经过霉菌、细菌、放线菌、病毒、梭菌共同配合，分解成有机物，后再经过微生物分解成氨，形成动植物可以利用的蛋白质、氨基酸，这样周而复始的转化，使植物进化和发展。二是土壤中无机营养的转化。土壤中的不易溶解的磷、钾和中微量元素，不能被庄稼直接吸收和利用，而细菌等微生物，通过氨化反应，消化与反硝化作用，并在解磷、解钾菌配合下，使无机物变成可溶性肥料被植物所吸收。三是共生关系。土壤中根瘤菌，固氮菌、放线菌等菌类与植物形成共生关系，它们依附于植物体夺取土壤和土壤空气中的氮素，使土壤得到改良，增进团粒结构，改变了土壤三态，促进了作物的生长，植物与菌类终生不可分离。
三、微生物与庄稼的关系。（一）菌类是防治植物病虫害的无公害药物。微生物中的放线菌、病毒和真菌产生的分泌物，如苏云杆菌、白僵菌、5406菌、链霉菌、多角病毒，仅防治病害几百种，防治害虫就可高达200余种。（二）微生物是各种农家肥、各种堆肥分解转化的不可替代的物质，也是环境保护、沼气生产必不可缺的分解物质，是庄稼的生命之源。(三)微生物分解的赤霉素、有机酸、醇类成了庄稼不可缺少的营养物质和植物生长调节剂。
四、微生物和有机质的关系。有了微生物才产生了有机物，有了有机物才产生了有机质，微生物才有了生存能量，生活的场所，生命发展的基地。反之也有了有机质的累积和多效功能的发挥。在普通土壤中，每克土壤微生物菌类只有成百上千个，而有机质的含量也只有百分之一。而在掺复混肥中，每克有机质颗粒微生物含量有2000万个，有机质含量达到20%，是土壤有机质含量的几十倍。这些微生物和有机质形成共生体。在土壤中形成星火燎原之势，为土壤肥力转化提高，庄稼的健康生长，提供着巨大能量。实践中掺复混肥连续使用三年，土壤可提高一个等级，是有机农业，绿色食品发展的必由之路，其功不可没，可以说没有微生物的发展，就没有农业发展的未来。（生物谷Bioon.com）
