就燃料作物而言，目前有3大竞争对手在起跑线上：草、树和海藻。草和树生长在陆地上，但需要复杂的处理程序。目前用陆地作物生产的燃料主要是乙醇，又叫“纤维素乙醇”。海藻生长在水里，培育起来比较复杂，但可生产高品质油，可被轻易转化成生物柴油。
以草为原料生产生物燃料的领军者是加州的Ceres公司。它选择了4种草——柳枝稷、芒草、甘蔗和苏丹草，又叫做C4草，光合作用效率高，生长迅速，因此备受生物燃料工业青睐。
Ceres结合基因改造和“智能”育种技术，使它们的生长速度更快。这几种草生长于不同气候条件。柳枝稷和芒草生长于温带气候，甘蔗和苏丹草为热带植物。Ceres计划创造能够在炎热、酷寒、干旱气候下甚至盐碱地生长的品种，使它们能在无法生长粮食的土地上种植。这将降低种植成本，减少食物和燃料之间的冲突。
研究树的先锋是南卡罗来纳一家名为ArborGen的公司。ArborGen也在研究4个种类：桉树、白杨、火炬松和放射松。它采用和Ceres类似的方法加快树木生长，增加它们对寒冷的承受力。
海藻同样需要改造。难题之一是收获海藻蕴含的油，必须把它们从池塘里捞起来、晒干、破坏它们的细胞。这个过程费时费力，有公司正考虑直接把海藻送去电站干燥，燃烧。也有公司迎难而上，比如克雷格·文特尔的合成生物公司。文特尔希望通过生物工程克服海藻油采集问题。合成生物的海藻被安插了特殊基因，在它们的外隔膜创造新的分泌通道，使油脂刚刚分泌就被海藻细胞排挤出来，漂浮到池塘表面。经过基因改造后，这些海藻能比它们的野生同类分泌更多油脂。（生物谷Bioon.com）
