生物柴油是以含油植物、动物油脂以及废食用油为原料制成的可再生清洁能源。
目前已实现产业化的生物柴油生产工艺主要是化学催化转酯法。但化学法制备生物柴油存在一些不可避免的缺点，如反应过程中使用过量的甲醇，后续处理过程较繁琐，油脂原料中的水和游离脂肪酸会严重影响生物柴油得率及品质，废碱(酸)液排放容易对环境造成二次污染等。而利用生物酶法合成生物柴油由于具有反应条件温和、醇用量小、无污染物排放等优点，日益受到人们的重视。
用发酵法(酶)制造生物柴油，混在反应物中的游离脂肪酸和水对酶催化剂无影响，反应液静置后，脂肪酸甲酯即可分离。但利用生物酶法制备生物柴油目前存在着一些亟待解决的问题，如反应物甲醇容易导致酶失活、副产物甘油影响酶反应活性及稳定性、酶的使用寿命过短等。这些问题成为生物酶法工业化生产生物柴油的主要瓶颈。
现正在研究和改进生物酶法合成生物柴油技术。日本大阪市立工业研究所成功开发使用固定化脂酶连续生产生物柴油，分段添加甲醇进行反应，反应温度为30℃，植物油转化率达95%，脂酶连续使用100天仍不失活。反应后静置分离，得到的产品可直接用作生物柴油。
日本关西化学工程公司推出一种简易的低费用工艺，采用全细胞生物催化剂用于废植物油的反酯化。新技术将Rhizopas Oryzae细胞固定在由聚氨酯泡沫制作的生物质支撑多孔颗粒(BSP)上，以培养脂肪酶。添加戊二醛的0.1%溶液用于稳定Rhizopas Oryzae细胞，并改进脂肪酶活性。
将废植物油加入带有BSP固定的细胞的含水培养液中，分步加入甲醇，反应在约30℃下进行，甲酯产率可达到90%。在6个批量循环之后，脂肪酶活性仍可保持。新工艺不会产生像碱催化路线那样的大量废水，也无须复杂的提纯过程，无游离酸或催化剂残渣存在，就可生成脂肪酸甲酯或副产物甘油。关西化学工程公司正在进一步开发这一技术，以便不久将其推向商业化应用。
一种操作简单、在常温常压下可将动植物油脂有效转化生成生物柴油的全新工艺生物酶法制生物柴油在清华大学中试成功。
由该校再生资源与生物能源实验室开发的生物酶法生物柴油新工艺，为生物柴油的工业化生产提供了理想的途径，采用新工艺在中试装置上生物柴油产率达90%以上。
用中试装置生产的生物柴油样品经中国石化集团石油化工科学研究院检测，产品技术指标符合美国及德国的生物柴油标准，并满足我国0号优等柴油标准。中试产品经发动机台架对比试验表明，与市售石化柴油相比，采用含20%生物柴油的混配柴油作燃料，发动机排放尾气中一氧化碳、碳氢化合物、烟度等主要有毒成分的浓度显著下降，发动机动力特性等基本不变。
生物酶法因反应条件温和、醇用量小、无污染物排放等优点日益受到重视，但存在甲醇及副产物甘油影响酶的反应活性及稳定性、酶的使用寿命不长、成本高等问题，成为生物酶法工业化生产生物柴油的瓶颈。
对此，清华大学化工系再生资源与生物能源试验室提出了一条全新的生产工艺路线，可以有效消除甲醇及副产物甘油对酶反应活性及稳定性的负面影响，酶的使用寿命也随之大大延长。该工艺在湖南海纳百川生物工程有限公司200千克/日的生物柴油中试装置上得到成功应用，以菜籽油为原料生产出生物柴油。中试装置的反应器连续运转3个多月，生物酶活性未表现出明显下降趋势。
另外，利用目前已有的技术还可以将生物柴油生产过程中的副产物甘油进一步转化为高附加值产品1，3-丙二醇。两项技术的有机结合，可以显著提高生物柴油生产过程的经济效益。
