多年来，全球专注于研发的制药企业对更快、更好地开发出适用于临床药物的技术非常感兴趣，而且为之不断付出很大的努力。遗憾的是，曾被认为使发现过程更合理、更有效的技术并未能够达到它原先的设想。事实是，尽管药物研发的花费逐年增加，但真正进入到市场的新产品数目并没有相应见长。这使得一些制药公司不得不重新考虑该以什么样的方式来筛选新药，同时，考虑是否应该直接介入到研发的全过程。
高通量筛选的巨能
上世纪90年代中期之前，新药发现的方式主要是通过高通量筛选（HTS）。高通量筛选被视为原先各种繁重的体外和体内药理活性试验的合理替代，也就是严重依赖机器人对液体处理装置、自动化检测设备和计算机控制来研究新分子和感兴趣生物靶标之间的相互作用。与高通量筛选相匹配的是采用所谓的组合化学方法。
组合化学方法排除了对单个化合物进行研究的传统方法，而代之以同时研究数百甚至数千个实验室合成并储存在巨型库内的化合物。组合化学方法的出现，催生出一些新公司的诞生，这些公司唯一的使命就是创建组合库，然后转让给药物发现公司，供这些公司对感兴趣的靶标进行筛选。因此，如果没有高通量筛选技术，就不可能筛选数目如此巨大的化合物，高通量筛选的应用进一步推动了研发过程中其他一些方面的进展。
值得一提的是，人基因组项目的完成、技术的进步，如更小型化（从最初的96孔板，发展到384、1536乃至456孔板），也帮助保持HTS作为新药发现主要技术的动力。其他的技术进步（包括新的感觉技术）如定量蛋白质分子与候选药物结合时发生的变化的差示扫描量热法或光散射测量。
然而，就寻找新活性分子而言，高通量筛选产生难以应付的大量额外数据，它并不比大海捞针更易。这使得许多制药公司压缩他们的高通量筛选计划。对于制药业，可能采取的替代战略是购入许可证和开发相仿药物，但就技术而论很可能会转向高内涵药物筛选（HCS）。
高内涵药物筛选本质上是一种药物发现的简化方法，但它对了解一个特定的分子是否与一个特定的受体或酶存在相互作用可能十分有效。例如，受体和酶不能孤立存在，但它们是细胞内反应和相互作用复杂环境的一部分，高内涵药物筛选通过使用活细胞作为药物发现的基础来解决这个问题，因此，这种技术的另一个名称是细胞基筛选。高内涵药物筛选的明确特性是，不是观察候选药物在特定的时间瞬间对单一靶标的作用，而是使用单一的仪器能在一个空间和时间范围内追踪若干细胞内过程。这些过程涉及细胞内蛋白质的变化，如G-蛋白偶联受体（GPCR）信号传导、激酶介导信号传导和离子通道信号传导。例如，GPCR激活能激发它们进入细胞。如前所述，这个过程是可视的，因而，提供了一个特定候选药物效率的客观衡量。
细胞电解光谱争宠
尽管原始的高内涵药物筛选采用的是荧光测定鉴定，但其他测定技术如细胞电解光谱的出现，为某些工序提供了更好的选择。它不需要用荧光剂或其他类型的标记物给细胞作标记，并能同时检测众多细胞信号传导通道。目前，这一技术限用于相对低通量的场合，但仪器制造商在努力增加通量。事实上，高内涵药物筛选也可用于基于核酸的过程，如DNA转录或RNA干涉，以及细胞过程，如细胞凋亡、DNA损伤修复或细胞分裂发生。显然，对这些情况需要有不同的测定方法。例如，可以用测定细胞内DNA降解评估细胞凋亡。
高内涵药物筛选目前面临的一个主要问题是，由于它是一种以影像为基础的技术，所以能产生大量的数据。例如，一个单一的实验可产生高达10TB［万亿字节；1TB=1000GB］数据。目前，供应商正在开发能处理PB级（1PB=1000TB）数量数据的仪器，所有这些数据必须处理并储存，显然，这要求高内涵药物筛选要有巨大的计算能力。当然还有其他许多的挑战，如需要开发新的方法来测量有特别兴趣细胞类型（例如免疫系统细胞）的过程。
