应用方面主要用于无损检测和孔探技术应用，电子内窥镜与纤维内窥镜、光纤内窥镜一样。因此，主要还是分为工业电子内窥镜和医疗电子内窥镜。内窥镜机械结构和工作原理上基本没有大多的差异。
电子内窥镜与纤维内窥镜相比有以下优点：
色泽逼真，⑴图像清晰。分辨率高，电子内窥镜图像经过特殊处置，将图像放大，对小病灶的观察尤为适合。
能将病变贮存起来，⑵具有录像、贮存功能。便于检查及连续对照观察。
减少内镜检查时间。⑶快速照相。
⑷避免了光导纤维易于折断、导光亮度易于衰减、图像放大易于失真等缺点。
多人可以同时观看。便于疾病诊断、会诊、教学。⑸1人操作。
但由于电子内窥镜价格高贵，电子内窥镜同纤维内窥镜一样分为电子胃镜、电子十二指肠镜、电子结肠镜。近几年发展很快。生产工艺不如纤维内窥镜幼稚，一定时期内，尚难普及和取代纤维内窥镜的临床应用。
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