上海生物医药产业资产近年来规模不断扩大，显示出强劲的增长势头和高成长性，为上海经济实现新一轮跨越式发展做出了贡献，已经成为上海强势增长的高新技术产业。
“十一五”期间，上海医药产业如何在国际医药产业转移中完成自身的产业升级，并对长江三角洲地区产生更大的影响，医药企业如何提升自身市场竞争力，构筑上海可持续发展的微观基础，是上海医药产业未来发展新的使命、新的考验。
融入“长三角医药经济圈”
上海现代生物医药产业要在产业趋同的大环境中保持领先，必须扬长避短，“有所为，有所不为”。必须围绕“国际大都市”的建设目标，根据上海的特点，依托城市的整体功能优势，高层次定位、非均衡发展。
大力发展医药研发产业，以研发优势、技术力量来占据产业链高端，调整产业结构，从发挥行业优势出发，形成整个产业的总体优势。即优先发展技术含量高、最有希望获得技术突破的现代生物制药和现代中药，形成以技术为先导的上海现代生物医药产业体系，推进产业升级。
优化产业布局，重点推进国家上海生物医药科技产业基地（张江药谷）、徐汇枫林园区和漕河泾地区等5个产业集群的建设。通过政策引导，使上海生物医药的创新和生产制造进一步向这5个区域积聚。
近几年，长三角地区医药产业增长速度较快，其总量已占全国医药总产值的三分之一强。长三角地区的医药企业以药品制造为重点，新品研发、试验、教育为支撑，成为以生物医药、天然药物、现代中药、化学原料药和新型医疗器械、制药机械为特色的国内重要现代医药制造中心之一。
长三角区域密集分布着苏州高新区、上海张江高科技园区、浙江医药经济开发区等医药产业园区，医药企业逐步走向产业集群化，医药产业结构各有特色也有雷同。因此，上海医药产业应实施“合作竞争，融入发展”的战略，主动冲破行政壁垒，确保区域内人才、技术、资本、信息等各种要素的顺畅流动。以效益最大化为目标，加快长三角医药企业之间的联合、重组、并购等资本运营活动的进度，按照市场规律实现战略重组、专业化分工、优化资源配置，优势互补，协同整合产业优势，培育若干具备国际竞争力的产业群落和能参与国际竞争、跨国经营的大医药集团。突出区域内医药产业的差异化、特色化发展，从而进一步提高产业集中度，培育和提升区域医药产业的整体竞争力，把长三角打造成集约化程度更高的区域性医药制造业基地，使长三角医药成为产业发展外向化和参与国际竞争的龙头。
鼓励外资并购重组加强国际合作
上海医药产业竞争力低的一个重要表现就是经济效益水平低下。究其主要原因在于企业的运行效率欠佳，经营管理素质不高。因此需要从完善企业内部法人治理结构和提高企业经营管理能力入手，实施科学的经营管理策略。
随着我国医药和医疗产业的进一步扩大开放，跨国医药企业将进一步扩大对医药领域的投资规模、投资形式和结构也会有所调整，可能会将医药和医疗部门综合起来进行战略性投资，并购投资的比重会逐步上升。在这种条件下，应当通过相应的产业政策、外资政策和改革措施，鼓励和引导跨国医药公司增加对我国国有医药企业的并购重组，提高外资并购重组在医药行业资产重组的比重。相对于外商新建投资来说，外商并购投资虽不能较多地增加生产力，但却更有利于促进医药行业产业结构的调整、产权制度的变革和资源配置的优化。
另外，目前世界跨国制药公司在海外设立研发中心的趋势逐渐显著。由于生物医药研发的投入越来越大，周期越来越长，因此跨国制药公司为降低成本开始将研发中心向海外转移。同时，经济全球化的深入发展与国际竞争的日趋激烈，也促使跨国制药公司根据不同东道国在人才、科技实力、技术基础设施和法制环境等方面的比较优势，在全球范围内有组织地安排其研发机构，从而出现了研发全球化的趋势。
上海生物医药具有良好的产业基础、雄厚的科研力量、优秀的技术工人，完全有可能成为跨国制药公司研发中心的集聚地。尤其当前上海正在向信息化、法制化、市场化、国际化的方向迈进，良好的产业发展环境更可以聚焦跨国制药公司的目光。今后若干年，上海的奋斗目标是成为世界级大都市，而世界级大都市的突出功能就是创新或吸纳创新中心，上海成为跨国制药公司研发中心的集聚地，将与上海城市的地位、形象、目标相匹配。
形成研发创新体系实施品牌扩展战略
随着上海生物医药产业的蓬勃发展，上海药品研究机构的队伍也在日益壮大。据统计，目前上海市从事药品研究的单位如研究所、公司、学校、医疗机构和合同研究组织（CRO）等已不下400家，但各单位进行药品研究的水准、规范化程度参差不齐，各自为政，缺乏沟通与交流，常有重复研究的现象发生。
要实现企业成为科研、开发和引进技术的主体，除了企业应努力培育自有的科技开发力量外，还必须在各级政府的帮助和扶持下，打破条块和体制上的界限，以企业为主体通过资本运营，组织起一个可以充分综合利用社会资源的网络，实现产、学、研协作联合，指导研究机构逐步形成自己的优势领域，改变散点式研究的模式，提高研发的集中度与效率。在注重原创创新的同时，鼓励对现有药物进行二次开发，鼓励仿制，真正将其视为技术创新。
上海应以“大品种”为核心，调整产品结构，延伸产品线；以“大企业”为龙头，形成医药产业的可持续发展体系；以“大市场”为依托，促进产业的技术升级。
以“大品种”为核心，就是要加速具有自主知识产权、技术含量高、附加值高的产品的产业化，以药理、病理、毒理、药效清楚、产业化成熟度较高、市场发展潜力大的品种为中心，形成产业规模；以“大企业”为龙头，就是要促进具有产业优势的企业形成具有不断创新和可持续发展的能力，鼓励企业与具有科研优势的科研机构、大学和其他社会资源有效地结合，形成医药企业的技术支撑体系；以“大市场”为依托，就是要加强市场亟须新品种的开发，特别是按国际化要求，开发满足出口规范的新品种和新技术，使上海的医药产品扩大国际市场份额，通过国际市场竞争实现上海医药产业的升级和健康发展。
加快产业融合和中药现代化建设
加快建设现代生物医药产业专业服务支撑体系，从单纯的制造业向现代服务业延伸，实现产业融合，培育和发展上海生物医药产业新的具有独占优势的增长点。
需要尽快建立满足医药企业中间服务需求增长的产业服务支撑体系，发展面向医药产业服务的现代服务业。应尽快建立生物技术与医药产品孵化器，为各类医药企业提供工艺放大、工艺优化、小批量生产服务；推动建立若干专业权威的中介机构，为新药申报、报关代理、商标注册、信息咨询、技术交易和专业培训等提供优质服务，使生物医药专业服务成为整个生物医药产业的重要组成部分。
和一些中药产业发展较快的省市相比，上海中药产业有自己的优势，也有本身的短处（如不是主要药材生产地等）。所以，上海中药产业只有扬长避短，才能在近期内得到快速的发展。而加快推进“中药现代化”，确立上海在中药研究、生产方面的技术优势和管理优势，是上海中药产业健康快速发展的有效途径。
上海应充分利用现代科学技术，发挥自身优势，初步建立上海中药研究开发和生产的规范体系，使之符合GCP、GLP；加强生产标准化建设，加强符合中药特点的科学、量化的中药质量控制技术研究，提高中成药、中药饮片(包括配方颗粒)、中药新药等的质量控制水平。以中药注射剂为重点，逐步扩大指纹图谱等多种方法在中药质量控制中的应用。加速中药微粉化、超临界提取等新技术的引进、消化和吸收；重点解决重金属含量、农药残留量超标、产品质量均一性问题；加快中药应用基础研究、中药标准化研究、中药创制等步伐。改造传统中药产业，走开放式道路，积极推进上海中药产业化进程。(http://www.bioon.com)
