重庆市发展改革委有关研究人员介绍说，重庆医药行业发展存在规模小、融资渠道单一、市场竞争无序等方面的问题，具体表现在以下几个方面：
一、医药企业存在“一小二少三低”现象。“一小”指多数企业规模小。据统计，截至２００３年底，重庆仅有９６户规模以上的医药工业企业和商业企业，其余大多数企业均为中小企业；医药工业企业仅占全市工业企业的１．０％，规模以上医药工业企业占全市规模以上工业企业的比重也只有２．１％；限额以上医药商业企业户均资产仅１亿元，户均年销售额仅１．８４亿元。
“二少”指新产品少、高技术含量产品少。重庆大多数企业缺乏新药开发能力和市场竞争能力，许多企业只能低水平重复生产相同产品，造成老产品多、新产品少；低档次与低附加值产品多，高技术含量与高附加值产品少的不利局面，且药品产量总体供过于求，有上百个品种的生产能力过剩。
“三低”指研发水平及投入低，经济效益低，产品出口量低。目前，重庆医药工业企业科技开发能力薄弱，大多只能进行简单的移植和仿制，药品的创新研制水平及研制投入低。以２００３年为例，全市规模以上医药工业企业研发费用总投入仅为５７６８万元，仅占当年产值的１．２％。
从经济效益方面来看，２００３年全市限额以上４８家医药及医疗器材批发零售企业中，亏损的企业就有２４家，亏损面达５０．０％。从具体行业看，主要是中药材及中成药批发业亏损较多，亏损额达１８２７万元。从产品出口情况来看，目前重庆市医药行业仍然没有摆脱传统的进出口模式，出口产品量少且多以低附加值的初加工产品为主。据统计，２００３年全市医药工业出口交货值仅为３．７４亿元，占当年产值的比重仅为７．６％，全市限额以上医药及医疗器材批发企业共计实现出口８．９６亿元，占限额以上医药及医疗器材批发企业年销售额的１０．６％。
二、医药企业融资渠道单一，产业发展资金不足。医药行业同其他行业相比有“四高”：高投入、高收益、高风险、高技术密集型。而重庆近九成企业融资主要靠银行贷款，企业融资难、融资渠道单一的问题已经成为制约企业发展的重要因素之一，医药企业更不例外。目前，重庆高科技制药产业的资金来源除股东投入的股本金以外，主要依靠银行贷款，但由于银行十分注重资金的安全性和流动性，高技术投资的风险使银行慎之又慎，因而医药企业融资能力明显不强，资金严重短缺，发展资金严重不足已经成为制药企业开发研制新药、更新设备、开拓市场的巨大障碍。
三、医药市场竞争无序，药品经营环境差。随着市场经济的不断发展，医药市场竞争无序的苗头已经显现，如同样产品由多个厂家生产、药品购销各个环节利润分配不合理等，导致医药市场环境持续恶化，而企业也迫于市场压力，把主要精力都用在市场竞争上，无力顾及技术创新，这种无序竞争再维持下去，重庆制药企业将很难适应国际大市场。
据重庆市企调队近期对全市１２户药品批发、零售连锁及零售经营企业的调查显示，近五成企业反映目前重庆药品经营环境差，且主要表现在“商业环境”和“政策环境”两个方面。企业反映，重庆医药连锁经营市场目前已出现无规划、盲目发展的势头，药品经营行业普遍存在不理性的价格竞争和布点竞争，加之各类经营许可证、年检收费繁多和个别政府部门、协会以各种名义要求企业参与广告活动等，使药品经营企业的生存环境愈加恶化。
四、医药市场引进外资少，且领域较窄、经营情况差。近年来，重庆一系列的招商引资政策吸引了大量的外商参与全市经济建设，但进入重庆医药市场的外商却相对较少。目前，全市有２２家外商医药企业，仅占在渝外资企业总数的２．４％，且均为小型企业，户均资产仅０．１６亿元，从业人员仅８６７人，２００３年仅实现产值２．２６亿元、销售收入１．６７亿元。而外商介入的领域也十分狭窄，多数集中于化学药品制造、生物药品制造或医疗器械制造，涉及中药材领域较少。从经营情况来看，２００３年重庆外商医药企业亏损３５２万元，亏损面达５０．０％。
