不可否认，近几年医药行业协会在发挥应有作用方面有了很大进步，如今年在国家发改委对药品的降价政策出台前，中国化学制药工业协会和中国医药商业协会等协会在广泛听取和收集生产企业意见的基础上，代表企业与政府对话，使政府在药品降价幅度的把握上更切合实际。然而，总体上说,我国的行业协会与市场和企业的要求仍相去甚远。
在发达国家，行业协会作为非营利性的中介组织，被视为市场经济的润滑剂、协调
器和保险阀，发挥着维护公平竞争的市场秩序、降低经营者之间的交易成本、保护市场主体合法权益、促进行业发展的作用。与政府宏观调控一样，行业协会同样是为谋求市场主体整体利益而建立的一种协调机制，但与政府宏观调控不同的是，行业协会本质上不是凌驾于市场主体之上的力量，而始终是市场主体自主协商的自治性组织，行业协会的权威正在于成员单位的自愿、自律。
我国行业协会由于“先天不足”和“后天发育不良”，存在着许多沉疴：一是功能不完善。目前，我国行业协会绝大多数是在政府职能的转变过程中，由政府行业主管部门组建而成的，有的甚至是原有行政公司转制而来。一方面，政府依然大量控制着行业发展和企业直接管制的政策、行政手段，如行政审批等；另一方面，政府把赋予行业协会的职能作为原有行政权力的延伸和既得利益的保护，紧紧控制着行业协会，使得行业协会难以发挥作为市场中介组织应有的作用。二是行业覆盖面过窄。由体制内生成的行业协会，其会员的覆盖率一般不超过全行业企业总数的40％，同时这些协会的会员单位大多局限在原部门系统内。这导致行业协会难以发挥行业性的指导、协调、监督等功能；内部制衡机制难以形成；服务对象有限、运转经费严重不足等。三是管理体制不顺，法律规范缺位。目前，我国行业协会主要是通过国务院颁布的《社团管理条例》来管理的，该条例赋予业务主管部门的权力和责任几乎是无限的，忽视了行业协会作为市场中介组织的特有属性和对建设市场秩序的独特作用。行业协会沦为政府的附庸，难以真正体现广大会员的利益和实行民主管理。
目前，国家有关部门已越来越认识到行业协会的重要性和进行改革的必要性，一份由国家发改委、国家工商总局、商务部联合起草的《关于行业协会、商会改革与发展的若干意见》征求意见稿已经出台。
有关人士认为，行业协会改革首先要搞好三个定位，一是体制定位，构筑新的管理框架，即政府负责宏观调控——行业协会及联合会实行自律性行业管理——企业自主经营的三层结构。二是性质定位，各类协会均是非营利性、自律性行业管理组织，属于独立法人，是政府与企业之间的中介服务组织。三是功能定位，行业协会主要承担着自律性行业管理职能，明确和界定好协会固有的功能、政府委托功能、协会参与功能。其次要在各方面给予支持,为协会发展创造条件，特别是在人才和资金上。协会实行市场运作方式是逐步解决经费的根本途径，但在建立初期，有关部门应在资金方面给予扶植，以解决开办起步的困难。
不管怎样，我们有理由相信，随着大环境的不断改善和行业协会改革的不断深化，医药企业将会越来越靠得上自己的“娘家”——行业协会。
