甘肃中药材资源优势没有充分转化为经济优势，呈现“大资源、小产业”的状况。甘肃省医药产业基础依旧薄弱，在一定程度上处于“抱着金饭碗讨饭吃”的状态。2004年该省医药工业总产值仅占全国医药工业的0.65%，居全国倒数，工业增加值占该省工业增加值的比重也不到2%。
首先，在中药材选种、栽培、生产加工、包装、储藏等方面，技术原始落后，管理简单粗放，经营低水平重复。中药材加工率、产品科技含量及科技附加值较低。中药材种植栽培存在质量不稳定、单产量低、病虫害、农药残留量超标等问题，部分宝贵药材资源濒危。
其次，中药新药研究滞后，中药产业发展后劲不足。甘肃拥有较高水平的医药科技人才，但由于医药企业的研究开发力量弱，科研院所重研究轻转化、力量分散等原因，全省新药开发明显滞后，缺乏“拳头”产品，科技资源优势没有充分发挥出来。
第三，中药企业市场营销能力不足。甘肃中药制药企业基本上是在计划经济条件下建立和成长起来的，企业生产能力很强，市场营销能力较弱，制约着企业的发展，使企业难以做大做强。
第四，甘肃中药企业面临的竞争环境日益激烈。我国加入WTO后，甘肃中药企业将参与国际竞争，中药企业受到化学药物、生物药物和天然药物的多方冲击。同时，国内经济发达地区的中药企业也凭借其资金、技术、市场的优势，对甘肃中药企业造成威胁。
