从2006年前三季度的统计数据来看，医药商业购销增势平稳。前三季度，全国七大类医药商品购进总值为1944.41亿元，比去年同期增长6.97%；销售总值为2118.38亿元，同比增长8.07%；其中，药品类销售总值为1568.05亿元，同比增长7.34%，纯销售为877.93亿元，同比增长9.75%；中成药类总销售为372.05亿元，同比增长10.06%，纯销售为196.15亿元，同比增长6.08%；医疗器械总销售为37亿元，与同期基本持平，纯销售为24.70亿元，比同比增长5.98%。
近10年来，随着市场的不断开放，医药市场竞争日趋激烈，特别是随着国家药品集中采购政策的实施和降低药品价格政策的不断出台，全国医药商业企业经济指标呈现一升三降的局面：销售大幅度上升，毛利率下降，费用率下降，利润率下降。
据中国医药商业协会统计，2005年度全国医药商业七大类商品销售总额3000亿元，利润总额15.83亿元，全国有17个省市医药商业汇总性亏损。自1996年至2005年，医药商业的毛利率由16.28%下降到8.28%，费用率由16.18%压缩到7.53%，销售利润率一直在0.5%间徘徊，远远低于发达国家1.5%~3%的利润水平。
1996年医药商业行业毛利率为16.28%，利润率0.43%，费用率为16.18%，利润总额3.11亿元。随着组织结构的调整，企业规模不断扩大，降费增效取得了显著效果，2002年，利润总额首次突破10亿元，费用率也首次降到10%以下，为9.88%，这一年的行业毛利率和利润率分别是10.26%和0.59%。到2005年，医药商业行业费用率已经降至7.53%，是近十年最低数值，利润总额也增至15.83亿元，但是毛利率和利润率仍然偏低，分别为8.28%和0.66%。十年间，销售利润率最高的一年也不过0.74%（2003年），这一数字远低于发达国家的一般利润水平。
近年来，医药流通企业费用发生很大变化。虽然经过改革创新，加强管理，医药流通企业降费增效取得明显效果，但是医药流通企业一些费用在增长，主要表现为：为适应现代物流需要加大了投入，新建配送中心投资需每年提取折旧收回；医药流通企业人员结构发生重大变化，为吸收和引进高素质人才，人力成本
升高；非正常因素带来财务费用上升，历年来，医药流通企业上缴国家税收多，自有资金少，企业经营主要依赖银行贷款，银行贷款利率的提高，使企业利息支出上升；医疗机构拖欠货款，由于医疗单位的垄断地位，回款时间愈来愈长，一般都在三个月以上。
据不完全统计，上半年49家医药批发企业应收医疗机构所贷欠款高达18.81亿元。其中三个月以上欠款16.38亿元，占欠款总额的87.11%，半年以上的欠款达4.45亿元，占欠款总额的23.67%。若按现行4.5‰的银行贷款月利率计算，医药商业将为三个月的应收款支付银行利息2211万元。
此外，药品招标采购支付的中介费也增加了企业负担。据不完全统计，2005年度，44家药品批发企业支付中介的费用为4113万元，北京市6家批发企业在两年半的时间内向中介支付费用4800万元。综上所述，各种非正常经营因素的费用增加，大大增加了企业的经营成本，加大了企业的经营风险，给医药商业企业发展带来了诸多不确定性因素，极大影响了现代企业制度的建立和医药流通业的发展。
印度化学和农药部长拉姆·帕斯万近日在印度药业论坛上介绍说，印度零售药品的固定利润率为35%，批发药品的固定利润率为15%。参照国际上的有关指标，建议医药商业的毛利率维持在10%的水平，社会零售药店的毛利率维持在25%，医疗单位的毛利率维持在15%。这样才能满足人民群众用药及健康需求，促进医药产业健康可持续发展。
要帮助医药商业企业缓解成本上升的压力，保证其获得正常比例的利润，药品价格形成机制的作用不容忽视。有鉴于此，特提出下列建议：
药品价格形成机制的基础是医药卫生体制改革，当前应大力推动医药卫生体制改革。
在医药卫生体制改革不到位，“三医改革”不联动情况下，医药价格形成机制要采取政府定价与市场形成价格机制相结合，要加大市场形成药品价格力度。建议在目前政府管理医保目录品种价格改为管理医保目录中处方药品价格，而将医保目录中非处方用药（包括双跨非处方用药）和非医保目录品种价格放开，由市场形成价格。
明确价格为经济杠杆，发挥其调节供需，调节利益分配，发挥市场作用。在制定和调整药品价格时应将国家（税收），工业、商业、患者、医疗单位五方利益兼顾为好。
