2006年是“十一五”计划启动的关键一年。一年来，上海医药在结构调整、谋划战略布局、推进产业发展等方面取得了较大成绩。上海医药工业全年实现总产值超过300亿元，其中医疗器械产值近100亿元。
上海现有医药企业446家，其中有上海医药集团、复星医药等大中型企业46家，境内外上市医药企业9家。2006年，上海生物医药重点企业的生产开始稳步增长，上药、复星和上实等3家龙头企业经过几年的调整以后，呈现稳定增长的发展态势；骨干企业在各自领域中的核心技术优势和产业竞争优势明显增强。
与此同时，一批重点扶持的优势企业加快国际化步伐。据统计，2006年1～10月，上海医药产品出口总额达41.01亿元，同比增长31.78%。出口产品也从以大宗原料药、低端一次性医疗器械为主逐步转向高附加值产品。2006年，上海市科委、市发改委、市食品药品监督管理局围绕国家战略和上海生物医药产业发展的需求，组织实施了一批前沿科技攻关项目，推进已建的新药筛选中心、安全评价中心和药检所等公共服务平台的后续发展，同时着手建设药代中心、动物实验中心和临床试验机构等一批新的公共服务平台，为上海生物医药产业的持续创新积蓄了潜能。
2006年10月，国家发改委批准建设了上海国家生物产业基地，这为上海生物医药产业发展提供了新的机会。
据悉，2007年，上海将进一步提升医药产业的自主创新能力和核心竞争力，力争使上海生物医药产业迈上新台阶，医药制造业产值突破350亿元。
