根据新的国务院机构改革方案，国家食品药品监督管理局改由卫生部管理，同时调整食品药品管理职能。一些全国政协委员就此指出：这次机构改革后，理顺了食品药品监管体制，有利于推动医药一体化管理。”
谈到这次医药合并成立“大卫生部”，重庆市卫生局局长屈谦委员说：“市场经济发展到现在这个阶段，条块分割、政出多门的监管方式已经暴露出一些弊端，比如说职能交叉、权责脱节、遇事扯皮等。医药卫生是一个复杂的体系，统起来管便于协调各方面关系。”
“过去两部门确实存在管理、协调方面不畅等问题，浪费时间和精力。”中国药学会副理事长李大魁委员举例说，“现在我国的执业药师既要通过药监部门的执业资格考试，还要通过卫生部的职称考试。相信调整后部门之间协调会顺畅些，事情会好办些。”
1998年机构改革，药政管理局脱离卫生部，与原国家经贸委管理的国家医药管理局合并，成立国家药品监督管理局，卫生、药监两部门正式分家。2003年新一轮机构改革，在国家药品监督管理局基础上组建国家食品药品监督管理局，药监部门职能进一步扩大。按照这次机构改革方案，卫生、药监两部门又将走到一起。
“当年药监从卫生分出来是必要的，有利于政企分开、管办分离。”全国政协委员、江西省食品药品监管局副局长刘晓庄说，“当年的医药管理局不仅有市场监管职能，还有行业管理职能，管着企业的同时办着企业。国家药监局成立后只承担市场监管职能，不再办企业，这是有进步意义的。”
刘晓庄认为，成立“大卫生部”有三个好处：一是大部门制便于医药一体化管理，增强政府部门的市场监管能力，加强对公众生命安全的保障；二是有利于医药卫生体制改革的顺利推进，解决当前“以药养医”问题；三是有利于解决药监、卫生两部门在食品药品监管等一些职能领域交叉的问题。
业内人士指出，这次机构改革，药监部门并不是简单的回归卫生部，整合后将发挥更大优势。国家食品药品监督管理局改由卫生部管理后，政策法规权限将收到部一级，药监局主要负责执行。从今后工作来看，会有很多好处，比如，现在药品临床试验、不良反应监测等都需要两部门一起办，很麻烦，以后就可以统一在一起了。
此外，根据国务院机构改革方案，卫生部负责组织制定食品安全标准、药品法典，建立国家基本药物制度；国家食品药品监督管理局负责食品卫生许可，监管餐饮业、食堂等消费环节食品安全，监管药品的科研、生产、流通、使用和药品安全等。
“从理论上讲，古往今来，医药都是一体的。医药关系就像是士兵和武器的关系，协调不好就打不赢仗。”来自天津市眼科医院的孙丰源委员说。
河南中医学院基础医学院副院长司富春委员说，调整后，卫生部担负着食品安全综合监督职责，但农业部、国家质检总局和国家工商总局按分工仍要加强农产品生产环节、食品生产加工环节和食品流通环节的监管，食品安全监管工作需要各部门密切协同，共同完成。
屈谦委员建议，新的卫生部应当把支持发展医药产业列入其重要职责，使这个朝阳产业能够成为未来中国经济新的增长点。“机构改革要促进这个产业的健康发展。”
