由中国科学院上海药物研究所完成的发明“组合化学集中库设计与优化方法”目前获得国家发明专利授权(专利号ZL200410053102.6)。
该项发明涉及一种组合化学集中库设计与优化方法，是对一种虚拟组合化学集中库软件包的设计、建立与评价优化的方法、包括第一步以靶标为基础设计虚拟组合初步筛选库；第二步建立虚拟组合初步筛选库并对分子构象进行优化；第三步对虚拟组合初步筛选库进行评价及其优化。该项发明采用遗传算法与组合化学方法相结合，可以用于基于大分子靶标三维结构的全新药物的设计和研究。对靶标具有比较高的亲和性、多样性和类药性。具有速度快、费用低、不耗费任何实验器材，完全通过计算模拟的方法来完成组合化学集中库的设计和优化。
药物发现是一个综合了多学科的，复杂的研究和探索过程，其主要步骤可以简要概括为从基因到蛋白质和蛋白质到先导化合物，再对先导化合物进行评估和优化这样一个循环反复、螺旋式上升的过程。在这个过程中，计算机早已成为不可缺少的手段，分子模拟、组合化学、构效关系以及数据挖掘等领域都是计算机大显身手的地方。利用计算机采用各种可能的方法，搜寻和优化先导化合物，提高其理化指标和生物活性，已成为药物发现过程中的关键步骤之一。随着人类基因组测序工作的基本完成，为药物研究提供了大量的新分子靶标，因而基于结构的药物设计与组合化学相结合的计算机模拟筛选方法已经成为一个有效的发现药物的途径。
