药品集中托管在收支管理环节上，实行药品“收支两条线”。医院药品收入统一到政府卫生财政，每月由政府与供应商结算药款。同时，政府卫生部门通过财政方式补贴回到医院。除了通过剥离医院采购权与收支两条线所挤压出的灰色利益空间，由于引入第三方电子交易平台，医院和药厂直面交易，这种直通车模式排斥了药品流通环节，节约流通成本。
江苏省医药公司副总经理 陈冬宁
以前我们商业公司是靠这个药品差价，比如说我进来一块钱，我卖了一块一或者一块零五，我赚了这个差价，来获取利润，现在我是靠我的配送，配送费来获取我们企业的利润的。这是现在这个集中采购跟以前的不一样的，最大的不同。
陈东宁承认，在药品集中托管中，从药品经营企业到药品配送企业的简单身份转换，挤出了部分药品企业经营利润。
江苏省医药公司副总经理 陈冬宁
靠药品差价相对来讲利润要比现在配送的利润要高一点，比如说我们毛利能达到六个点到七个点，也就是一千万，假如我做一千万的话，我的毛利可能也要达到六十万左右，现在只有达到四十万左右了。
2008年8月，江苏和浙江的部分医药企业曾声讨南京的药品集中托管模式，他们担心在新的药品集中托管模式中，生产企业和经营企业将处于前所未有的弱势地位中，生产企业面对着直接的低价压力，而经营企业则必须面对弱化为“搬运工”的窘境。虽然利润被挤压，但陈冬宁承认，药品集中托管对于他们这样的医药经营企业来说，也并非是一件坏事。
江苏省医药公司副总经理 陈冬宁
说实话，医院有拖欠现象，三个月、四个月，甚至五个月的，在这次招标中，这次集中网上集中采购中，因为有政府信用的担保，我们可以在预定的时间，两个多月就可以及时到帐了，资金的周转对我们这个流动企业来讲，很重要的，提前一个月，说实话，影响力也不小，本质上我们的利就很薄，所以从这点上讲，我们的企业的利益得到了保障。
就在一些国有医药经营企业因为南京的药品集中托管而抱怨的时候，一家民营医药经营企业却借着这个机会打进了南京三甲医院。
九州通集团董事局主席 刘宝林
最近呢就是应该说是我们九州通有史以来能够直接在三甲医院开户的这样一个首例，现在南京市有九家三甲医院，我们在开户了八家，因为这是一个很大的突破。
同样是在2000年，与宿迁改制医院同时发展的这家民营医药经营通企业，这9年以来，从没有给二甲级以上的公立医院往配送过药品，更不用说登上三甲医院的药房大门了。
九州通集团董事局主席 刘宝林
我们的配送主要是对药店，民营的医院、诊所、社区医院、农村卫生站这些所谓的第三终端这是我们的销售渠道。
而这次南京采用的药品集中托管，把原本往三甲医院销售药品的医药经营企业利润从原来的8%，压缩到了4%。一些小型药品经营企业由于中间环节利润的挤压，不得不退出了这个市场，民营医药经营企业却仰仗着强大的药品配送优势和集约化的物流体系，挤进了三甲医院的药房。
九州通集团董事局主席 刘宝林
具备了这种现代药物物流，能够用最低的成本、最好的效果来进行配送的这种能力，所以，这就把我们作为南京这块的三甲医院的配送单位，我觉得这是一个巨大的进步，这是一个很大的进步，因为九州通的话在这些企业公司当中，能够被政府直接制定为三甲医院，就是有配送资格，应该说还是首次。
随着南京药品集中托管的实施，把药品经营企业的利润大大缩水，药品经营企业之间的竞争更加激烈，民营医药经营企业低利润的药品配送优势逐渐显现。药品经营企业应该如何发展呢？
中国医药企业管理协会会长 于明德
因为正常的流通秩序啊，是应该有生产，有流通这个社会分工的，你不可能把流通企业抛开，让所有的医院直接对一个生产企业去买药品，为什么呢？每一个企业生产药品都是几个或者十几个，医院一采购就是几百个甚至于上千个，没有一个企业能满足，那么就造成大量的社会资源每一个企业都来投它的标或者和他来洽谈，巨大的浪费。而且这个消耗了相当多的时间，本来社会分工就是有这样一个中间机构，流通机构来代表生产企业去为医院做服务，是非常集约化的一种服务，也效率比生产企业自己做要高，你硬要把它抛开，实际上违背社会发展规律的事情。我觉得它很难行得通。
而对于药品集中托管的主体之一——医药企业，对南京的这个举动，却是异口同声地持赞成态度。
南京圣和医药集团懂事长 张勇
以前招标呢，有的是生产企业投，有的是当地的配送公司投，那配送公司投的时候呢，它这一个环节了，有时候就不见得就是说它投的价格就是生产企业所要的价格。这样的话，那医院拿到的价格，往往也就不是最便宜的价格。这一次他就要求就是说，由企业直接来投，那企业它最清楚自己的成本，同时也非常清楚自己在保证质量情况下，能按什么成本，就能生产了，所以这次投标以后呢，应该说就是医院拿到的价格都是最便宜的价格。
张勇说出了为何招标药品，中标后企业不生产了的根源，以往的药品招标的大都是医药经营企业，而这些医药经营企业，有时不是十分了解药品和成本，难免有为了药品中标而相互压价的情况。药品经营企业过低的报价超过了药品生产的底线，所以就出现了后来的中标就死的一些药品。
