新医改方案只是一个原则性的框架文件；国务院将成立深化医药卫生体制改革领导小组，统筹组织实施深化医药卫生体制改革。
在经历了激烈争论、征求意见、反复修改之后，新医改方案终于在4月6日由新华社公布。与2008年10月14日的征求意见稿相比，这份1.3万余字的《中共中央国务院关于深化医药卫生体制改革的意见》（下称新医改方案）对一些争议较大的内容进行了修改，但在总体上，方案并未能突破征求意见稿“政府强势主导”的局限。
医改目标两步走
新医改方案依旧以“四梁八柱”为主要构架，即形成公共卫生、医疗服务、医疗保障、药品供应四位一体的基本医疗卫生制度，并完善相应的管理、运行、投入、价格、监管体制机制，加强科技与人才、信息、法制建设。
方案提出，要把基本医疗卫生制度作为公共产品向全民提供。与征求意见稿仅提出2020年的目标不同，新方案对医药卫生体制改革的目标分为两步：到2011年，基本医疗保障制度全面覆盖城乡居民，基本药物制度初步建立，城乡基层医疗卫生服务体系进一步健全，基本公共卫生服务得到普及，公立医院改革试点取得突破，切实缓解“看病难、看病贵”问题；到2020年，覆盖城乡居民的基本医疗卫生制度基本建立，形成多元办医格局，人人享有基本医疗卫生服务，基本适应人民群众多层次的医疗卫生需求。
新医改方案还列出了2009年-2011年要着力抓好的五项重点，以便“医务人员受到鼓舞”“监管人员易于掌握”。北京大学中国医药经济研究中心主任刘国恩向《财经》记者表示，这与国务院总理温家宝在2009年政府工作报告中的内容基本一致。
其中，基本医疗保障制度要全面覆盖城乡居民，三年内城镇职工医保、城镇居民医保和新型农村合作医疗（下称新农合）的参保（合）率均达到90％以上；2010年各级财政对城镇居民医保和新农合的补助标准提高到每人每年120元；做好医疗保险关系转移接续和异地就医结算服务；国家基本药物目录于2009年公布，规范基本药物采购和配送，合理确定基本药物的价格；发挥县级医院的龙头作用，用三年时间建成比较完善的基层医疗卫生服务体系；促进基本公共卫生服务逐步均等化，2009年人均基本公共卫生服务经费标准不低于15元，到2011年不低于20元；推进公立医院改革试点，逐步解决“以药补医”问题；加快形成多元化办医格局，鼓励民营资本举办非营利性医院。
仍有遗憾的基本药物制度
“物美价廉”的基本药物，被卫生部部长陈竺认为是降低医药费用的关键之一。征求意见稿公布后，基本药物制度也曾是各方争论的焦点，“由国家实行招标定点生产”“统一制定零售价”遭到了众多专家的质疑，被认为是过分强调了政府的干预，会导致基本药物在生产、供应过程中竞争不足、效率低下与产生腐败。
在最终的新医改方案中，基本药物将“实行公开招标采购，统一配送”；国家制定基本药物零售指导价格，在指导价格内，由省级人民政府根据招标情况确定本地区的统一采购价格。
中国社科院经济所研究院朱恒鹏认为，结合1月17日卫生部等六部门发布的《关于进一步规范医疗机构药品集中采购工作的意见》，以后基本药物的招标采购将主要以省为单位进行，省政府在药物价格上也将有更大的量裁权，这比之全国统一定价更加合理。
然而，如何避免政府招标过程中的权力寻租和省级政府保护本地企业的冲动，仍将是制约基本药物制度实效的重要因素。
北京大学中国医药经济研究中心主任刘国恩还认为，新医改方案中“城乡基层医疗卫生机构应全部配备、使用基本药物”仍有不尽合理之处。因为全国各省的发展情况各不相同，如果某一地区民众的基本用药需求与基本药物目录不完全相符，而基层医疗卫生机构又必须全部使用基本药物，将会为民众带来不便。
此外，在征求意见稿中曾被医药企业界大肆批评的“在药品外包装上标示价格”，终于在新方案中被删除。
医院改革未有实质变化
与征求意见稿相比，新医改方案在医疗服务体系改革方面并未有实质性的变化。在基层卫生机构探索实行收支两条线，公立医院药品购销差别加价、设立药事服务费、调整医疗服务价格，对有条件的医院开展“超收上缴、差额补助”等内容都被保留。
显然，作为医改最大难点的公立医院改革，由于传统体制、政府权力、财政实力的约束，其方向并不明确。在政府投入不足而又不愿真正放开市场的前提下，公立医院如何改革“以药养医”，答案仍不清晰。因此，是否能允许各地方在试点中尝试不同的改革模式积极探索，至关重要。(生物谷Bioon.com)
