新医改提出，要完善公共卫生服务体系、医疗卫生服务体系、医疗保障体系、药品供应保障体系四大体系架构，建立健全基本医疗卫生制度。
健全公共卫生服务网络
新医改提出，要进一步完善公共卫生服务体系。健全以专业公共卫生服务机构为核心，以基层医疗卫生服务机构为网底的公共卫生服务网络，整合公共卫生资源。
新医改进一步明确了各类公共卫生机构的职能、目标和任务。剥离疾病预防控制、慢病防治和职业病防治机构非专病专防所需的临床医疗业务，把公共卫生工作的核心向保障居民健康安全、疾病预防、应急处理、灾害救助、健康促进和公共卫生资源储备等方面转移。完善重大疾病防控体系和突发公共卫生事件应急机制。加强环境卫生、食品卫生、职业卫生、学校卫生监督，强化农民工等流动人口卫生服务，加强对严重威胁群众健康的传染病、慢性病、职业病和出生缺陷等疾病的预防控制。
此外，还将建立由我市卫生、农林渔业以及深圳检验检疫等部门和香港有关公共卫生机构等参与的深港公共卫生联席会议制度，协调深港两地重大的跨境公共卫生问题。
引导居民社区首诊
新医改提出，要进一步健全医疗卫生服务体系。加快实施卫生事业“一大一小”发展战略，从方便居民获得基本医疗卫生服务出发，发展区域医疗中心和基层医疗卫生机构两级医疗卫生服务网络，实现全市卫生资源均衡布局。
要保证各区至少有一家三级综合医院，整合优势卫生资源，强化区域医疗中心重点学科和特色专科建设，充分发挥其在危急重症、疑难病症、重大突发事件医疗救护以及技术指导和科研教学等方面的骨干作用，建设门类齐全的区域医疗中心。建立便捷高效的片区责任制转诊工作规范，提高优质卫生资源使用效率。
进一步健全“政府主导、社会参与、院办院管”的社区卫生服务管理体制。市级财政性经费举办的医疗机构不再举办社区卫生机构，把现有社区卫生机构全部移交给属地区政府管理。均衡布局社区卫生机构，进一步完善以一级医院为骨干，以社区卫生机构为网点的基层医疗服务体系。建立全科医师任职资格制度，着力加快全科医学人才培养和引进，力争5年内每个社区卫生机构至少有1名经过规范化培训的全科医生。
构建合理有序的就医模式。严格界定社区卫生机构服务功能，推广适宜技术和基本药物，为广大群众提供一般常见病、多发病、慢性病初级诊疗服务。健全医院专家定期到社区卫生机构服务的制度，满足社区居民就近获取优质服务的需求。建立社区卫生机构“弹性工作时间制”，延长节假日和夜间开诊时间，更好地方便居民就医。鼓励社区卫生机构逐步开展家庭医生服务，与服务对象建立更紧密的合作关系。鼓励各级各类医院进一步优化服务流程，鼓励市民预约服务，构建高效的医院服务秩序。健全以“双向转诊”为纽带的社区首诊制度，从服务形式、服务能力、收费价格标准、医保偿付标准等方面引导更多居民“小病”到社区，构建合理的群众就医模式，让社区卫生机构真正发挥维护居民健康和控制卫生资源的双重“守门人”作用。
完善中医预防、保健和医疗服务体系，建设中医特色、中医“治未病”和中医康复“三位一体”集约式中医服务体系。鼓励西医医疗机构开设中医特色专科。鼓励社会资源开办中医机构，推进中医坐堂医诊所的设置改革。推进中医药服务进社区。鼓励中医医疗机构开发中药制剂，建设中药制剂中心。将取得国家定点企业生产中药配方颗粒和制剂批准文号的院内中药制剂，以及针灸、推拿等中医特色治疗项目，纳入社会医疗保险基金的支付范围。
建立多层次医保体系扩大覆盖面
新医改提出，加快建设医疗保障体系。
一方面要扩大全民医疗保障覆盖面。完善以基本医疗保险为主体、其他多种形式的社会医疗保险和商业健康保险为补充，覆盖全市常住居民的多层次医疗保障体系。完善医疗保障管理体制机制，引导群众自觉参加不同层次的医疗保险。积极推进非公有制经济组织从业人员、灵活就业人员和农民工参加基本医疗保险。逐步缩小各类参保群体的医疗保障水平差距，逐步提高基本医疗保险最高支付限额和医疗保险偿付标准，减轻居民大病费用负担。鼓励商业保险机构开发多样化的健康保险产品，简化理赔手续，满足居民不同层次的医疗保障需求。充分发挥医疗救助专项资金的作用，提高对经济困难家庭成员自付医疗费用的补助标准。
另一方面要规范基本医疗保险基金管理。建立异地就医结算机制，探索异地安置的退休人员就地就医、就地结算办法。制定基本医疗保险关系转移接续办法，解决农民工等流动就业人员基本医疗保障关系跨制度、跨地区转移接续问题。
此外，还将发挥医疗保险补偿和监控作用。进一步改善医疗保险结算办法，积极探索科学的医疗保险付费定额标准和实行按人头付费、按病种付费、按病例分型付费及总额预付等方式。
基本药物全部纳入医保
在建立健全药品供应保障体系上，新医改提出，要落实基本药物优先选择和合理使用制度。所有零售药店和医疗机构均应配备和销售国家基本药物，满足群众用药需要。从2009年起，政府举办的一级医院、独立门诊部和社区卫生机构应当全部配备和使用基本药物，其他各类医疗机构也应当按规定使用基本药物。允许患者凭处方到零售药店购买药物。各级医疗机构要按照临床基本药物应用指南和基本药物处方集的要求，规范药品临床使用。基本药物全部纳入基本医疗保障药品报销目录，报销比例明显高于非基本药物，鼓励使用中药。
新医改要求，强化药品采购行为监管。非营利性医疗卫生机构使用的基本药物，由省政府指定的机构公开招标采购。药品购销双方要根据招标采购结果签订合同并严格履约，坚决治理医药购销领域中的商业贿赂行为。建立应急药物储备制度。
