药物治疗：
药物治疗是呼吸疾病治疗的最常用方法（西药占主导地位，中药一般作为辅助治疗手段），目前主要停留在压制症状的阶段，以控制炎症为首要治疗原则：采用各种抗生素、激素类药物来控制感染和过敏，副作用很大；采用扩张气管类药物来缓解气道痉挛引起的气喘，只能起到短期抑制的作用；以止咳化痰类药物来压制咳嗽、稀释痰液和抑制痰液分泌。中医则以长期大量服用中药，进行免疫调节治疗。
急性感染和急性发病的患者应注意：使用抗炎药物治疗时，医院必须留取痰液标本，进行细菌定量培养和药敏试验，确定是否是细菌性感染，属于何种炎性物质，再结合患者基础状态，选用对症的抗炎药物治疗，将毒副作用控制在最低程度。
氧气疗法：
氧疗通过增加吸入氧浓度，提高肺泡氧分压，加大肺泡膜两侧分压差，促进氧的弥散，从而提高动脉血氧分压和血氧饱和度，达到改善和纠正组织缺氧的目的。临床中对动脉血氧分压降低到什么程度才需要氧疗，目前尚缺乏统一标准，由医生根据患者具体情况进行判断和灵活掌握。但应强调的是，氧疗时应有较明确的指征和准确的流量，对其疗效应及时进行评价和调整。
在进行氧疗时，要根据患者不同的病理生理状态来选择不同的方式：如对晚期慢阻肺的患者应选用低浓度持续性吸入；而对肺纤维化和呼吸窘迫综合症（ARDS）的患者则应选用中浓度或高浓度吸入。要充分认识到：氧疗时，若使用不当，会出现呼吸抑制、吸收性肺不张和氧中毒等副作用。
清肺仪“强档”治疗4-6小时，每次1-2小时，治疗前后多饮水，坚持治疗3-6个月，重症患者则需要更长的治疗周期。
有的患者使用前咳痰不明显或没有痰，但是使用后出现咳痰增加，这是清肺仪助力排痰的结果，是好的征兆，必须把阻塞气道的痰液排上来，才能彻底消炎、改善通气、防止气道痉挛、祛除喘憋。
