“医药不分”一直以来被视为药品价格问题产生的重要原因，但因为公立医院的运营在很大程度上依赖于药品收入，“医药不分”的根源实际是“医药难分”。从财政依赖到市场创新，只有找到了可以持续弥补公立医院药品收入缺失的正确途径，药品价格机制改革才能延继。公立医院药品价格机制改革的主要目标是逐步实现药品零加成，即公立医院不“卖”药。新医改方案实施后，各种医改模式纷起，但是，在药品收入占公立医院业务收入近半已成事实的情况下，增加公民的福利就必须减少公立医院“卖”药的收入。各种医改模式共同面对的难题是：拿什么来弥补公立医院收入的缺失？
弥补的主要途径有两种：一种是财政补贴，另一种是通过市场创造新的社会价值。
财政依赖性改革
2009年发布的《中共中央、国务院关于深化医药卫生体制改革的意见》（习称“新医改方案”）在建立规范的公立医院运行机制和完善公立医院补偿机制中提出：要通过实行药品购销差别加价、设立药事服务费等多种方式逐步改革或取消药品加成政策，同时采取适当调整医疗服务价格、增加政府投入、改革支付方式等措施完善公立医院补偿机制。由此可见，公立医院药品价格机制改革的导向，是要使公立医院从不合格的“卖”药主体转型为以提供医疗服务为重的组织。
公立医院是非营利性的，按差额财政补贴制度，公立医院业务收入如不足以支撑运行支出，由财政进行补偿。如果医药流通体制和药品企业的商业模式不变，公立医院因实行药品零加成减少收入时，财政用于卫生支出的额度会同时增加。在新医改方案颁布之后至今的两年多里，全国各地兴起的医改模式大多是政府主导，主要实施保障是增加财政支出，即财政依赖性改革，如：政府直接进行招标，确定公立医院药品价格；实行收支分离，由财政直接支付公立医院药品采购款；提供免费医疗，医疗费用由财政支出等。那么，财政依赖性的公立医院药品价格机制改革模式是否具有可持续性？政府逐年增加民生工程投入的决心已有实鉴，所以，重要的问题是政府的财政支出能力。药品逐步实行零差率后，地方政府财政对公立医院的补偿能力主要由财政收入和其他财政支出两方面决定。
愿望丰满，现实骨感
首先，从财政收入角度看。税收收入是财政收入最主要的形式和来源，而税收收入与经济发展状况紧密联系，中国社会经济发展较强的不均衡性决定了各地方政府财政收入的差异性。从理智的角度和科学发展的观念来看，经济的发展都具有基础依赖性，即任何一个区域的经济发展都是建立在已有的基础之上的，不可能一蹴而就。税收实质是政府利用公权力对公民私人财产进行无偿、强制征收，根据税收法定原则，税种的加设、税率的提高等提高税收收入的主要影响因素必须法定；而且，有财税法学者正在呼吁和推动将税收条例全部上升为法律，以加强人大在税收立法中的作用，制约政府税收权限，改变政府自行立法征税的现状，由此可见，税收收入的多寡不可能由政府根据财政支出的增加而随意改变。
再者，从财政支出看。根据《中华人民共和国宪法》、《中华人民共和国地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》等法律规定，国家和区域预算及执行情况报告分别由全国人大和地方各级人大进行审查和批准，法律的权威性、强程序性决定了财政支出预算额度具有较强的延续性，即各地方除公立医院补偿外的其他财政支出额不可能出现大幅度的非正常下降。
为抵御世界金融危机对国内经济的影响，近年来政府正通过积极增加财政支出刺激经济，另一方面，为提高国民的社会福利，财政在住房、养老等方面的支出也在提高。
