2011年，深圳市政府办医疗机构业务收入约为141.69亿元，其中医疗收入、药品收入分别为86.78亿元、54.91亿元，药品收入占业务收入的38.8%。
2012年3月22日，深圳市委常委会议审议通过了《深圳市公立医院医药分开改革实施方案》(以下简称《方案》)，《方案》指出深圳将分两个阶段推进医药分开改革，取消公立医院目前可以向就患者收取的西药不高于15%、中药不高于25%的加成费用，彻底打断公立医院业务收入与用药数量、药品价格直接挂钩的利益链条。
深圳市卫生和人口计划生育委员会(以下简称“卫人委”)估计，方案实施后，预计一年可以减轻全市参保人员1.971亿元的自付费用，而零售药店也可以与医院药房竞争处方药的销售。而药品加成取消后公立医院损失的近四成的收入也将通过提高门诊诊金和诊查费，以及设立药事服务费等方式来进行补偿。据悉，该项改革将在今年二季度末正式启动。
医药改革步骤：
第一阶段：对象：基本医疗保险参保人群三级医院门诊诊金提高14元
根据《方案》，取消公立医院药品加成政策的第一阶段先在本市基本医疗保险参保人群、医保用药目录范围内实施。
公立医院取消药品加成后造成的直接亏损，将折算成提高门诊诊金和住院诊查费收费标准，保障医院能够得到合理的补偿。深圳将分级提高医院门诊诊金和住院诊查费的标准，即在原来的基础上平均每门诊人次提高门诊诊金12元，其中三级医院的门诊诊金每人次提高14元，二级医院和一级医院的门诊诊金每人次提高11元。平均每住院床日提高住院诊查费37元，其中三级医院住院诊查费每人次提高43元，二级医院住院诊查费每人次提高33元，一级医院住院诊查费每人次提高24元。
为了不增加患者的费用，提高的门诊诊金和住院诊查费收费将由社会医疗保险基金直接为参保人支付。即综合医疗保险参保人的门诊诊金增加部分，全部由社会医疗保险统筹基金支付。住院诊查费增加部分全部由社会医疗保险统筹基金支付。农民工医疗保险和住院医疗保险参保人的门诊诊金增加部分，按照现行的报销比例，分别由门诊和住院统筹基金支付。由于提高全市社会医疗保险参保人医疗保险待遇而造成的社会医疗保险统筹基金亏空，最后由政府财政兜底补贴。
根据卫人委的统计，该方案实施后，预计一年可以减轻参保人自付费用1.971亿元，其中门诊1.75亿，住院0.221亿。
第二阶段：对象：全市所有就医人群单次专科门诊最高限额
尽管目前深圳社会医疗保险参保人数达到1036.83万人，按常住人口口径计算，已经实现全民医保。但是，事实上还有部分患者看病的时候不能享用医保，也就是他们在看病的时候要自己承担提高的门诊诊金和住院诊查费用。因此，改革的第二阶段就是要扩大到深圳全部就医人群取消所有药品的加成费用。不过，这一阶段的改革必须要先报请广东省物价部门提高医务人员的门诊诊金、住院诊查费两个收费项目价格后，由广东省物价部门统一定价后才能推进。
为了不增加病人负担和不减少医院合理收益，深圳将推进医疗服务付费制度改革。在门诊控费方面。将公立医院门诊分为全科门诊和专科门诊。全科门诊收费标准按诊疗人次收取，也就是将现有的门诊挂号费、诊查费、注射费(含静脉输液费，不含药品费、耗材费)以及药事服务成本合并为全科门诊服务费。而专科门诊病人将按照专科病种分类建立“控高就低”的付费制度，即制定专科门诊单次最高限额标准，超专科门诊单次最高限额标准的，必须履行审批手续。
在住院控费方面。以卫生部发布的321个临床路径标准为基础，建立单病种“定额、包干”基准收费标准，对住院患者实行按病种付费。不能按照单病种收费的，实行按项目、按服务单元等“定额、包干”付费方式。对病例数较少的大额住院费用实施单独结算。
什么是单病种收费呢？卫人委举例，比如做阑尾炎手术，现在全市每家医院收取的费用不一样，实行单病种“定额、包干、预付”后，如果收费标准定为3000元一例，那么医院如果技术水平高、管理绩效好，2500元治好了病人，医院就可以节余500元。如果医院技术能力低、成本管理差，花了4000元，医院就得垫付1000元。在这种机制下，医院就必须想方设法控制成本、提高技术能力，以最小的成本把病人治好。
