手术结束后，应切断手术显微镜电源，将显微镜擦拭干净，横臂收拢，旋紧制动手轮，底座的刹车锁定，用专用布套或布单覆罩。然后，将其置于清洁干燥的储藏室或手术室内不易被碰撞处。手术室或储藏室内必须设有空气除湿设备。
显微镜的光学零件易生霉、生雾和脱胶。因此，要避开高温、潮湿、温度骤变和含有酸碱腐蚀性气体环境。整机存放应离墙1 m。室内湿度不应超过60％~65％。有些型号的眼科手术显微镜在光学部件中安放了防霉装置以确保在规定的时间内起到防霉杀菌的作用。
光学镜片表面若沾有手印、污斑或其他污染时，禁忌用手、纱布或其他粗糙布料擦拭镜头。应用脱脂棉花蘸95％酒精（或无水乙醇）和乙醚混合液（1:4~1:1，气温偏低时乙醚比例可增大），轻轻擦拭镜头。
显微镜的镜头在每次用完后，尤其是梅雨季节，应将其从支架上拆下，放入专用镜箱内，内置硅胶干燥剂，存放于阴凉干燥处。
采用冷光源和光导纤维者，对光导纤维应注意保护。光导纤维光束是一束数万根玻璃纤维丝组成的光缆，刚柔适宜，但不能用过大的力量拉伸；弯曲时，弧度不宜过小，更不要压上重物，以免折断或压断玻璃纤维丝，影响照明度。
各机械调节活动部分，应定期进行保养。
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