当硬件设计完成后，就能够具体明确软件的设计要求。软件结构设计的任务就是划分程序功能模块，把功能相对独立的程序划分成一个功能模块是一种常用的方法。治疗仪的软件系统有三种治疗模式，电刺激模式、生物反馈治疗模式和生物反馈触发电刺激治疗模式。
根据流程图可以了解整个程序的工作过程。单片机复位后首先进行参数初始化，程序在初始化的过程中给出参数的歇认设置，并在LCD显示出系统的初始画面(即开机治疗模式选择界面)。接下来系统不断检测任务队列.如果任务队列中有任务系统就执行任务。开始用户可以通过键盘选择治疗模式，选定后按确认键就可以进人相关治疗模式参数设置界面。’利用键盘或者遥控器进行参数设置，并将相关参数显示在LCD上。若参数设置完毕，用户继续按“确认”键.系统就开始治疗。若用户按“退出”键或者出现异常现象，治疗仪的软件系统就停止治疗，并回到初始界面。
在治疗仪治疗的过程中大量使用了子程序，包括中断子程序和一般子程序，使整个程序形成了各个功能独立的模块，主程序主要完成初始化默认参数和子程序的调用.这种模块化的设计方式有利于程序的调试和维护。整个程序主要包括任务管理模块、显示子程序、键盘子程序、红外接收子程序等。
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