药物研发投入偏低、新药畸少，是我国生物医药产业的切身之痛。中国食品[5.704.21%]药品检定研究院中药民族药标准研究与检测中心主任林瑞超介绍，过去60多年来，中国创制的获得全世界承认的新药只有青蒿素和三氧化二砷两种。“十一五”期间，医药企业研发投入占总收入比不到3%，重点药企研发投入占总收入比约为5%。虽然“十二五”期间，中央财政动员的“重大新药创制专项”资金约为400亿元，但这样的投入水平仍远远不够。
工信部规划司处长姚珺最近提供的数据显示，2010年，10大研发国际领先药企共计投入研发资金602.4亿美元，计人民币3845.30亿元。10家企业1年的投入是我国未来5年重大新药创制资金的近10倍。其中，日本武田制药研发投入占销售收入比最高，达29.5%，计46.4亿美元；美国默克制药研发投入占比最低，为12.3%，达55.8亿美元。
新药研发具有高投入、长周期、高风险的特点，发达国家制药领域盛传10年10亿美金才可能产出一个有市场的新药。虽然IMS高级咨询总监杨光认为10亿美元有夸大的成分，但对于医药研发来说，高投入、低产出是不争的事实。原中国生物技术发展中心主任王宏广介绍，美国个别企业投入19亿美元，才能研发出一个新药。
高投入也未必赢来高回报。美国辉瑞公司中国区总经理胡晓滨介绍，在过去10年间，辉瑞的研发投入达700亿美元，创新的年销售额超过10亿美元的药物却不到3个。
