第一步患者到结核病防治所就诊后，医生首先会详细问诊，确定是否是可疑结核病症状者。对可疑结核病症状者将开具痰检申请单和胸片申请单，请病人进行痰菌检查和X线检查。
第二步到检验室检查三个痰标本（夜间痰、清晨痰和即时痰），若病人一次未带三个痰标本，先查即时痰，然后医生会发给病人两个痰盒，嘱病人次日带“夜间痰和清晨痰”进行检查。到放射科拍摄胸片（成人胸部正位片一张，儿童加拍一张侧位片）。
第三步痰检查结果、X线结果出来后，如果被诊断为结核病，医生将对病人进行第二次问诊。重点询问病人的详细地址、有无结核病史、是否服用过抗结核药物，确定新发、复发和初治、复治。对复治病人还要询问服药时间、种类、原治疗单位等，并做好结核病人的登记。然后开出处方（实施项目的地区还要签订服药协议书），嘱病人将药品带回督导医生。根据不同病人可能还要做其他的检查项目（如肝功检查等）。
第四步病人凭处方到药房取药。
第五步病人按照医生嘱咐按时服药，定期复查，直至治愈。